Sekretariát tajemníka zajišťuje:
1. agendu související s funkcí tajemníka magistrátu města
2. koncepčně se podílí na pracovním programu tajemníka magistrátu města
3. příjem a evidence petic a stížností
Právník kanceláře tajemníka zajišťuje:
1. komplexní zabezpečení právních činností pro výkon státní správy v přenesené působnosti a samosprávy podle zák. č. 500/2004 Sb., správní řád
2. dbá na dodržování zákonů právních předpisů a norem, týkajících se výkonu státní správy a samosprávy
3. zodpovídá za aktualizaci a podílí se na tvorbě sbírek vnitřních předpisů
4. zabezpečuje právní služby pro kancelář tajemníka
Personální oddělení zajišťuje:
1. komplexní personální agendy magistrátu města
2. sleduje a provádí statistiku o stavu zaměstnanců magistrátu města a mzdových prostředků
3. realizaci výběrových řízení ve smyslu zákona č. 312/2002 o úřednících samosprávných celků
4. vedení archivu - vystavuje potvrzení doby zaměstnání bývalých zaměstnanců Magistrátu města České Budějovice a dalších organizací: PK Jih, PK Sever, Technické služby města České Budějovice, Městské kulturní domy, STARZ, Stavební podnik města
Mzdová účtárna zajišťuje:
1. komplexní mzdovou agendu
2. zpracovává přehledy výplatních míst
3. zpracovává statistické soubory
Oddělení správy radnice zajišťuje:
1. technický a organizační chod komplexu budov MM, údržbu a opravy
2. osobní dopravu, dispečink služebních jízd
3. kompletní agendu ztrát a nálezů
4. Czech Point – ověřené výstupy z informačních systémů veřejné správy:
výpis z katastru nemovitostí
výpis z obchodního rejstříku
výpis z živnostenského rejstříku
výpis z rejstříku trestů
výpis z karty řidiče
registr účastníků provozu modulu autovraků ISOH
seznam kvalifikovaných dodavatelů
Oddělení hospodářské zajišťuje:
1. ekonomickou agendu pro odd. správy radnice a hospodářské odd.
2. evidenci movitého majetku
3. nákupy movitého majetku a kancelářských potřeb
4. evidenci provozu autodopravy
5. závodní stravování
6. chod podatelny
7. archivaci a skartaci písemností
8. agendu BOZP, pracovních úrazů a proškolování pracovníků MM