Českých Budějovic se bezprostředně dotýká úsek dálnice D3 0310/I Úsilné-Hodějovice, který povede po východním okraji města blízko zástavby. Vedení města se ve spolupráci s dalšími osmi obcemi podařilo prosadit, aby byl projekt přepracován opodle jejich návrhů, čili do podoby šetrnější vůči krajině a osídlení.