Nakládání s odpady ve městě České Budějovice, se řídí dle zákona č. 185/2001 Sb. O odpadech a Obecně závaznými vyhláškami vydanými Statutárním městem České Budějovice. Pro rok 2002 je připravován „Plán odpadového hospodářství ve městě České Budějovice“ v souladu s předpisy a směrnicemi EU v návaznosti na plán odpadového hospodářství kraje.
Odvoz komunálního odpadu je zajišťován společností A.S.A. České Budějovice s. r. o. prostřednictvím sběrných nádob MEVA o objemu 110 litrů nebo sběrnými kontejnery o objemu 1 100 litrů dle pevně stanoveného harmonogramu svozu šesti svozovými vozidly, z toho čtyřmi ve dvousměnném provozu. Odpad je ukládán na skládku Lišov, vzdálenou od Českých Budějovic cca 18 km se skládkovací kapacitou 430 000 tun.
Separovaný sběr ve městě dále zajišťuje dalších 25 specializovaných firem a společností, jako jsou např.: Sběrné suroviny a. s., Envisan – Gem s. r. o., Rekupe - Jan Reiner, fi Pisarčík, Šropatex s. r. o., Remex spol. s r. o.., Bijo TC a. s., Marab spol. s r. o. a další.
Použité a propadlé léky odebírají všechny lékárny ve městě.